I Sønderborg, Egernsund og Gråsten er der små erhvervshavne, som efterhånden modtager ubetydelige mængder gods. Til gengæld ligger der i kommunen et væld af lystbådehavne.
Det er ikke uden grund, at bådturister betegner de indre danske farvande som bådfolkets paradis. De mange afmærkede bælter, sunde, fjorde og vige med den lille tidevandsforskel byder på muligheden for en afslappet sejlerferie med et hav af oplevelsesmuligheder.
Uanset om man sejler til eller fra Sønderborg Lystbådehavn, undgår man ikke at passere nogle af Danmarks smukkeste landskaber og mest spændende seværdigheder.
FærgerHavne og lystbådehavneWebcam fra broerne
Kong Christian X's Bro, der adskiller Nordhavnen fra Sydhavnen, har en gennemsejlingsbredde på 30 meter. Størst tilladte dybgang ved passage af broen er 6,5 meter. Fri gennemsejlingshøjde (uden broåbning ) 5 m. Broen blev indviet 7. oktober 1930.Alssundbroen, der markerer havnens nordgrænse, har en gennemsejlingsbredde på 150 meter og en fri gennemsejlingshøjde på 33 meter. Broen blev indviet 19 oktober 1981.
Egernsundbroen adskiller Nybølnor fra Flensborg Fjord. Broens længde er 238 meter med en gennemsejlingsbredde på 25 meter. Broen blev indviet 19. juni 1968.